博物館由嚴迅奇負責建筑設計，建筑主體為倒轉梯形，外觀猶如一個方形大鼎，設計理念融合傳統中國視藝文化、傳統中國空間文化及當代香港都市文化，三個中庭空間參照了紫禁城中軸水平遞進的空間布局概念。

香港故宮文化博物館的標志，由香港著名設計師劉小康設計。

劉小康采用了常見的提煉建筑外輪廓的手法，將香港故宮的獨特建筑外形勾勒成標志，上面是香港故宮文化博物館的英文縮寫“HKPM”，并采用了黃色和橙色的漸變，以呼應建筑外墻的色彩。

logo反白應用效果：

如果拿香港故宮的logo和北京故宮logo做一個比較：香港的更大膽、現代、具有國際化視覺，而北京的比較傳統和具有中國特色。

香港故宮logo