在第一集《金剛狼》結(jié)尾，金剛狼被擊中頭部失去記憶，《金剛狼2》以此為故事開端，失去記憶的金剛狼被矢志田家族頭領(lǐng)派來(lái)的女保鏢帶到日本，這位忍者組織的老大信玄曾經(jīng)被金剛狼拯救過(guò)，為了報(bào)恩，他一心想讓金剛狼回復(fù)成一個(gè)有血有肉的平凡人。但這趟日本之行并不順利，金剛狼被卷入了忍者組織的繼位之爭(zhēng)，失去超級(jí)自愈能力的他得面對(duì)一場(chǎng)接一場(chǎng)的惡戰(zhàn)。

　　信玄有兩個(gè)孩子，女兒真理子和金剛狼一見鐘情，而兒子則是被稱作“銀武士”的高手。由于銀武士是家族私生子，因此他無(wú)法成為組織的正式接班人。年邁的信玄準(zhǔn)備選出下一任領(lǐng)袖，但他并不希望自己的兒子來(lái)接手，相反他有意將大權(quán)交給金剛狼。忍者組織為金剛狼委派了一名叫做雪緒的貼身女保鏢，盡管身為信玄的手下，但雪緒還是愛上了金剛狼。不過(guò)金剛狼真正心儀的卻是信玄的女兒真理子。此時(shí)真理子在信玄的安排下，要作為籌碼嫁給司法部長(zhǎng)。以此事為導(dǎo)火索，多方勢(shì)力齊聚東京，大戰(zhàn)即將爆發(fā)……