在第一集《金剛狼》結尾，金剛狼被擊中頭部失去記憶，《金剛狼2》以此為故事開端，失去記憶的金剛狼被矢志田家族頭領派來的女保鏢帶到日本，這位忍者組織的老大信玄曾經被金剛
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在第一集《金剛狼》結尾，金剛狼被擊中頭部失去記憶，《金剛狼2》以此為故事開端，失去記憶的金剛狼被矢志田家族頭領派來的女保鏢帶到日本，這位忍者組織的老大信玄曾經被金剛狼拯救過，為了報恩，他一心想讓金剛狼回復成一個有血有肉的平凡人。但這趟日本之行并不順利，金剛狼被卷入了忍者組織的繼位之爭，失去超級自愈能力的他得面對一場接一場的惡戰。
信玄有兩個孩子，女兒真理子和金剛狼一見鐘情，而兒子則是被稱作“銀武士”的高手。由于銀武士是家族私生子，因此他無法成為組織的正式接班人。年邁的信玄準備選出下一任領袖，但他并不希望自己的兒子來接手，相反他有意將大權交給金剛狼。忍者組織為金剛狼委派了一名叫做雪緒的貼身女保鏢，盡管身為信玄的手下，但雪緒還是愛上了金剛狼。不過金剛狼真正心儀的卻是信玄的女兒真理子。此時真理子在信玄的安排下，要作為籌碼嫁給司法部長。以此事為導火索，多方勢力齊聚東京，大戰即將爆發……
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