新疆石窟約始鑿于約公元3世紀左右，遺址主要分布于南疆的拜城――庫車，以至東疆的吐魯番一帶。大都選山寂空遠、溪水中流處，洞山為窟。新疆石窟雕刻多為彩塑，也有木雕和個別石雕的。壁畫藝術在新疆石窟中占有突出地位，壁畫的繪法，采用古代西域流行的暈染法，即凹凸法，結合”鐵線描”式的輪廓勾勒。
新疆克孜爾石窟
克孜爾千佛洞位于新疆自治區阿克蘇地區拜城縣克孜爾鄉東南7公里的木扎提河北岸崖壁上，是國家重點文物保護單位。石窟始鑿于公元3世紀左右，于8世紀后逐漸被廢棄，石窟群分谷西區、谷內區、谷東區和后山區，綿延3公里，現已編號的洞窟有251個，內存壁畫約1萬平方米，多描繪小乘佛教內容；泥塑若干具，其新1窟內1尊佛像長6余米，是龜茲石窟中現存最大的塑像。除了宗教內容以外，還有許多表現耕種、狩獵、商旅來往、音樂舞蹈和民族風貌的畫面。克孜爾千佛洞背倚明屋達格山，南臨渭干河，是我國修建較早、規模較大的一座石窟寺群，以絢麗多彩的壁畫聞名于世。
新疆庫木吐拉石窟
庫木吐拉石窟在新疆自治區庫車縣城西北30公里的渭干河谷東岸。始鑿于公元4世紀，于11世紀左右廢棄。已編號的洞窟有112個，現存壁畫數千平方米，以描繪大乘佛教內容為主，壁畫藝術“唐風”較濃，亦有少量雕塑，還有大量的龜茲文、漢文、回骼文的題記，是研究龜茲文化的重要參考資料。石窟在內容和風格上與中原佛教藝術相近，出現了“西方凈土”、“東方藥師”、“法華”、“彌勒”等大型經變故事畫，形象生動、造型優美。庫木吐拉石窟壁畫是中原地區佛教藝術的先驅，又是世界古文化發源的四大古國及其希臘和羅馬的文化藝術交流的匯集點。 古龜茲人吸收了印度等外來藝術的成分，創造了具有自身鮮明民族風格的卓越藝術。石窟已被列為全國重點文物保護單位。
新疆森木塞姆石窟
森木賽姆石窟位于新疆自治區庫車縣城東北40公里庫克塔格山的一個山溝里，山溝里流出一股小溪，小溪被叢生的紅柳搖曳的蘆葦和競相怒放的各色花朵覆蓋著，“森木塞姆”系維語，意為”有細水流出”。溝內犬牙交錯的崖壁上，開鑿著大大小小的各式洞窟，已編號洞窟52個，由于年代久遠，窟體破損嚴重，可看出窟形的有39個，而保存有壁畫的僅19個，大部分為支提式窟形，毗訶羅窟極少。石窟始鑿于3世紀，其中大部分壁畫屬南北朝時期，最晚屬回鶻高昌時期，現存11號和43號大像窟以高大著稱，而壁畫中則以描繪眾多動物而聞名。
新疆克孜尕哈石窟
克孜尕哈石窟位于新疆自治區庫車城西約12公里處。克孜尕哈這個名稱和與它相距1公里的漢烽火臺密切相關。據傳，這個漢烽火臺是國王女兒居住過的地方。在維吾爾語中，“克孜”是“姑娘”、“尕哈”是“居所”的意思，烽火臺附近的石窟也就隨之被稱作“克孜尕哈”了。石窟為唐代遺址。已編號洞窟47個，現較完整的洞窟有38個，保存有壁畫的有11個。其中19個為支提窟，19個為毗河羅窟。窟中壁畫多為佛本生故事像。較為特殊的是第24號窟，為七角形平面，正中有中心柱，左右開甬道，后壁有隧道，且又是平頂的支提窟，此種形式為其他窟群所罕見，壁畫“龜茲風格”較濃。現為國家重點文物保護單位。
新疆瑪扎伯哈石窟
瑪扎伯哈石窟位于新疆自治區庫車城東北30公里處的沙土原上。在維吾爾語中，“瑪扎”是“墳”，“伯哈”是“園子”，合起來是墳園的意思，原來這里確有一個大墳園。瑪扎伯哈石窟的名稱正是來自這個村名，石窟就在村西南不到500米處的山坡上。但是，目前的瑪扎伯哈石窟已成為整個龜茲石窟群中最殘破的一處。在己編號的44個洞窟，24號141號和42號窟已經全部塌壞，另外有9個窟因殘破太甚，只見一個個窟窿，無法辨別窟形。能看到比較完整的洞窟中，尚保存壁畫的洞窟只有5個。這大概與瑪扎伯哈石窟建造在質地松散的沙土原上有關。
新疆托乎拉克埃肯石窟
托乎拉克埃肯石窟位于新疆自治區新和縣城西偏北約70公里的山坡上。從新和縣城出發，沿著西去阿克蘇的公路，行至大尤都斯稍西的地方便無車行之道，須徒步行進。向北在戈壁灘中跋涉約有兩三公里，就到達雀爾塔格山南麓，山腳下有一道山谷豁然在目，谷中飄動著胡楊樹的枝葉。山谷兩旁的崖壁上開鑿的便是托乎拉克埃肯石窟群。而在雀爾塔格山北麓則是克孜爾石窟。
